Estudió en el Gymnasium de Freiberg bajo Christoph Demantius, su 'mentor verdaderamente diligente', como más tarde lo llamó. Se matriculó en la Universidad de Leipzig, en el período de verano de 1614, pero puesto que no hay constancia de haber prestado juramento, parece que no estudió allí después de todo. Probablemente entre 1621 y 1623 se fue a Augsburgo, donde se dice que habría estudiado y tomado un empleo. En 1625 se convirtió en profesor en el Gymnasium Protestante de St Anna. El 7 de septiembre de 1629, como consecuencia del Edicto de Restitución del 6 de marzo de 1629, fue despedido, junto con todos los otros profesores, por abrazar la fe protestante.

Alrededor de 1631 estaba de vuelta en Freiberg, donde, cuando el puesto quedó vacante el 11 de noviembre de 1632, fue nombrado sochantre en el Gymnasium. El año siguiente fue nombrado cantor del conde Rudolf von Bünau en el castillo de Weesenstein, Sajonia. El organista allí en 1633-34 era Andreas Hammerschmidt (que también trabajó durante un tiempo en Freiberg), con quien disfrutó de una amistad de larga data y que probablemente fue alumno suyo; el poema comendatorio de Hammerschmidt en "Kronen-Krönlein" de Otto (1648) da testimonio de esto. En 1639 Otto se convirtió en cantor en Schandau y permaneció allí hasta su muerte. En 1643 solicitó, sin éxito, suceder a Demantius como cantor en Freiberg.

Al igual que la de Demantius, la música de Otto está firmemente arraigada en el característico estilo expresivo de la música madrigalista y monódica. "Kronen-Krönlein" es su publicación más importante. Adjuntó designaciones para cada una de las 15 piezas, ya sea "motete", "madrigal", "sinfonía", "concierto", "diálogo" o "melodía", y este reconocimiento de distintas categorías se refleja en las obras individuales. En el motete (para doble coro) y el madrigal sacro se destacan detalles individuales llamativos entre las texturas homogéneas; en una misa parodia de tres partes (un ejemplo temprano de la misa de concierto) y en las obras del Evangelio (conciertos y diálogos) pasajes solos alternan con secciones tutti. Los conciertos señalan el camino a los desarrollos formales posteriores, como la inserción de textos no evangélicos, pasajes realistas de diálogo dramático y el uso de una coral de clausura. Los términos que Otto utiliza para denotar los distintos grupos de intérpretes son los de Demantius: 'favorito', 'a capella' (vocal o instrumental) y "tutti" (vocal e instrumental). Su trabajo teórico de 1632, ahora perdido, fue conocido hasta tan tarde como 1740 por Mattheson, que pensaba muy bien de él.